22. yüzyılda, Dünya aşırı popülasyon yüzünden sorunlar yaşamaktadır. Farklı bir Dünya’da yaşam bulmak için bir çok uzay aracı uzaya gönderilir ve Mesapotamia bunlardan birisidir. Ancak Mesapotamia’nın başına beklenmedik bir kaza gelir ve tayfanın bir kısmı bir araçla kaçmayı başarır. Bu aracın vardığı bomboş gezegenin adı Terra 2’dir ve gemiden sadece 6 kişi kurtulmuştur. Yazık ki, bunların hepsi de erkektir ve tek kadın olan Lorelai gemide kalmıştır. İleri teknolojilerini kullanarak klonlama tekniği sayesinde sayılarını zamanla arttırırlar ancak bir dişi yaratamazlar. Onun yerine bir kadın görümüne sahip androidler yaratır ve bunlara “Marionette” derler. Ne yazıkki gezegende kimse gerçek bir dişinin neye benzediğini bilemez çünkü bu marionetteler sadece emirleri yerine getirmeye programlı, duygusuz kuklalardır.
Yıllar geçtikten sonra Terra 2, 6 ülkeye bölünür. “Japoness” ülkesindeki Otaru, bir kaza sonucu girdiği bir laboratuarda yıllardır uyuyan bir marionette olan Lime’ı uyandırır. Lime ise alışılmışın dışında gülebilen, ağlayabilen, düşünebilen, karar veren ve hissedebilen bir Saber Marionettetir. Onu ise böyle yapan içindeki “Otome-circuit”tır. Otaru, zamanla Lime gibi “farklı” marionetteler olan Cherry ve Bloodberry’i de bulacaktır ancak dünyadaki tek Saber Marionetteler Lime, Cherry ve Bloodberry değildir ve bu işlerin arkasında yıllar öncesine dayanan, gezegenin varlığını tehlikeye sokabilecek bir sır yatmaktadır.